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Sciences

« L’ADN ancien révolutionne notre compréhension du passé »

27-06-2019

Jakob Sedig. Photo: John Fitch.

L’analyse d’ADN ancien a révolutionné la paléontologie et l’archéologie, non sans déranger certains chercheurs. Entrevue avec un jeune archéologue enthousiaste.

Seule une poignée de laboratoires dans le monde a l’expertise pour analyser l’ADN ancien. Les plus célèbres sont celui de Svante Pääbo, à l’Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste de Leipzig, en Allemagne, et le laboratoire de David Reich, à l’université Harvard.

Ce monopole dérange certains archéologues comme le révélait le New York Times Magazine début 2019, au fil d’un long article.

Certains archéologues regrettent ainsi l’engouement infaillible des grandes revues, comme Nature ou Science, pour les études portant sur l’ADN ancien. Ils affirment que ces éditeurs font preuve de complaisance envers ces grands laboratoires, en publiant systématiquement leurs découvertes, même lorsque l’interprétation des résultats ne fait pas l’unanimité.

Nous avons demandé à Jakob Sedig, qui est post-doctorant au sein du laboratoire de David Reich et a une formation en archéologie, de nous livrer son sentiment sur ce malaise et de revenir sur la façon dont l’analyse des génomes anciens a chamboulé l’archéologie.

***

Québec Science: L’ADN ancien est sans aucun doute un outil très puissant. S’agit-il d’une « révolution »?
Jakob Sedig
: Oui, je pense que l’ADN ancien est une révolution pour la compréhension du passé. L’archéologie a connu un certain nombre de révolutions technologiques – datation dendrochronologique, datation au carbone 14, analyses des isotopes stables, LiDAR, etc. et, aujourd’hui, l’analyse de l’ADN ancien. Cependant, je ne pense pas que l’ADN ancien soit une simple technique scientifique de plus adoptée par les archéologues ; il a transformé et transformera considérablement notre compréhension du passé, probablement plus que toute autre technique (datation au radiocarbone exceptée!).

Les archéologues peuvent l’utiliser non seulement pour étudier des transformations à grande échelle et aux échelles régionales, mais aussi pour répondre à des questions au niveau d’un site archéologique. Nous pourrions être en mesure d’identifier l’arrivée de migrants sur un site, par exemple.

QS L’analyse d’ADN, de protéines ou de lipides anciens donne accès à certaines informations impossibles à avoir autrement. Elle a également modifié certaines théories. Quel est l’exemple le plus frappant pour vous ?
JS
Il est difficile de me limiter à un seul exemple ! Les exemples que j’utilise habituellement sont le métissage entre les humains modernes et les Néandertaliens et la découverte des Dénisoviens, des hominidés qui étaient inconnus dans les archives paléoanthropologiques.

Lorsque j’étais étudiant de premier cycle, on se demandait encore si les Néandertaliens et les humains modernes s’étaient croisés ou non – bien qu’il y ait eu des indices, les données n’étaient pas concluantes. L’ADN ancien a démontré de façon incontestable que les humains et les Néandertaliens se sont hybridés. Et l’an dernier, des chercheurs ont identifié un individu qui avait une mère néandertalienne et un père dénisovien ! Selon moi, cela montre que nos ancêtres interagissaient et se mêlaient les uns aux les autres, sans être limités aux groupes taxonomiques (ou plus tard aux cultures archéologiques) auxquels nous avons attribué leurs ossements.

QS Certains archéologues voient d’un mauvais œil la place prépondérante que prennent les analyses génétiques. Il y a eu beaucoup de critiques. Quelles sont leurs principales préoccupations ?
JS D’après ce que je saisis sur les médias sociaux ou dans des discussions avec des collègues archéologues, y compris dans les conférences, je pense que les préoccupations concernant l’ADN ancien peuvent être classées en quatre grandes catégories : les préoccupations relatives à l’engagement autochtone, à la génétique et à la race, aux différences théoriques et à l’aspect destructeur des analyses.

QS Que voulez-vous dire par engagement autochtone ?
JS Je suis particulièrement sensible à cette question, car je viens du Sud-Ouest américain et j’ai passé mes années de formation à travailler avec des groupes autochtones sur divers projets archéologiques. De nombreux généticiens ne sont pas formés aux méthodes anthropologiques/archéologiques ni aux questions liées au travail avec les ancêtres autochtones. Il y a encore du travail à faire, mais c’est en train de changer : toutes les études sur l’ADN ancien publiées au cours de la dernière année qui incluaient des personnes autochtones comprenaient une déclaration d’éthique et une certaine forme d’engagement envers les communautés autochtones.

La question de la génétique et de la race est liée à ce premier sujet. L’anthropologie a un lourd passé quant à la notion de race. Souvenons-nous que les traits phénotypiques ont été utilisés pour étudier et définir différents groupes de personnes, et ont servi de justification au mouvement eugéniste du début du 20ème siècle.

Certaines personnes craignent que l’ADN ancien, mais aussi les tests génétiques en général de type « 23 and Me » soient instrumentalisés par les racistes et les suprémacistes blancs pour justifier leurs convictions […]. Cependant, les généticiens sont très sensibles à ces questions. En fait, l’ADN ancien a montré que les gens se déplaçaient, interagissaient et s’hybridaient constamment avec des groupes différents, et que les catégories « raciales » statiques et socialement construites n’ont aucun sens à la lumière du passé.

QS Quels sont les autres motifs de discorde ou d’inquiétude?
JS Dans certains cas, l’ADN ancien a chamboulé des décennies de recherches archéologiques et les archéologues ont eu l’impression que les généticiens avaient négligé leur travail archéologique. […] Les archéologues sont également préoccupés par la destruction des échantillons, même si l’analyse d’ADN ancien n’est pas le premier ni le seul type d’analyse destructive utilisé en archéologie.

Cependant, il a récemment été découvert qu’une partie de l’os temporal est plus riche en ADN ancien que d’autres éléments du squelette [NDLR, en effet, ce petit os qui protège l’oreille interne renferme parfois jusqu’à 100 fois plus d’ADN ancien que d’autres os ou dents.]

Par conséquent, les chercheurs se concentrent sur ces os – des os rares, car il n’y en a que deux par squelette (comparé aux dents multiples, aux côtes, etc.). Une de mes collègues (Kendra Sirak) et moi-même avons un article à paraître dans World Archaeology qui traite précisément de cette question et de la façon dont les chercheurs peuvent avoir un impact minimal sur les ossements humains qu’ils étudient.

QS Selon vous, quelles sont les autres technologies prometteuses qui vont changer l’archéologie ?
JS C’est vraiment une époque passionnante pour l’archéologie – il y a de nombreuses nouvelles technologies qui nous permettent d’analyser le passé avec une résolution jamais atteinte auparavant. Outre l’ADN ancien, je pense que le LiDAR est vraiment en train de changer notre façon de penser l’archéologie à l’échelle du paysage, tout en nous aidant à découvrir de nouveaux sites. L’analyse des isotopes stables (en particulier les isotopes de strontium) n’est pas vraiment nouvelle en archéologie, mais elle change aussi la façon dont nous comprenons comment les gens se déplaçaient dans leur environnement. Je pense aussi que les travaux qui portent sur le tartre dentaire et le microbiome humain sont très prometteurs.

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