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Reportages

Microbiome: le vagin livre ses secrets

Par Marine Corniou - 16/02/2017
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Moins populaire que son homologue intestinal, le microbiote vaginal n’en est pas moins crucial pour la santé des femmes. Et des hommes aussi, en fait !   

Dans la boîte de Pétri, l’amas de bactéries ne ressemblait à rien de connu. Sa forme et sa couleur ont intrigué la technicienne de laboratoire, pourtant habituée à ce type d’analyses. Mais cette fois, impossible d’identifier la bactérie en culture provenant d’un échantillon prélevé chez une femme souffrant d’une infection vaginale.

Et pour cause. Les analyses génétiques effectuées peu après par l’équipe du CHU de Québec-Université Laval ont révélé qu’il s’agissait d’une nouvelle espèce et même d’un nouveau genre de bactérie. « Elle n’a aucun cousin proche, explique Maurice Boissinot, le chercheur qui a dirigé les analyses et publié le génome complet de la bestiole en 2016. On l’a baptisée Criibacterium bergeronii, en l'honneur du fondateur du Centre de recherche en infectiologie et de son fondateur, Michel Bergeron.»

Fruit du hasard, cette découverte serait la microscopique pointe du grand iceberg bactérien qu’est la flore vaginale. « Le microbiote vaginal est le microbiote négligé. Il n’existe pas de catalogue exhaustif des espèces de bactéries présentes dans le vagin, alors qu’on a ce type de données pour la flore intestinale », déplore Maurice Boissinot.

En matière de microbiotes – ces communautés de micro-organismes qui colonisent notre peau, nos entrailles et notre intimité –, il y a en effet deux poids, deux mesures. Nos bactéries intestinales vivent leur heure de gloire à mesure que les chercheurs découvrent leur implication dans la digestion, le système immunitaire, le métabolisme et même le fonctionnement du cerveau. Le désormais célèbre microbiote intestinal, composé de mille milliards de bactéries, est considéré comme un organe à part entière.

Au point d’éclipser les autres flores, notamment celle qu’abrite le vagin (à qui 10 fois moins d’articles scientifiques sont consacrés). « Pourtant, la flore vaginale a un impact énorme sur la santé des femmes et sur celle des bébés. Elle mérite d’être étudiée ! » s’exclame le docteur Boissinot.

Une question de santé publique
À preuve, la vaginose bactérienne, qui se traduit par des douleurs et des pertes vaginales malodorantes, est associée, chez les femmes enceintes, à un risque accru de fausses couches, d’accouchements prématurés (risque multiplié par deux), d’infections maternelles et néonatales graves. Et ce n’est pas tout; on sait aussi que la vaginose augmente considérablement le risque de contracter et de propager des infections transmissibles sexuellement (ITS), en particulier la gonorrhée, la chlamydia et le virus du sida (VIH). Une vraie question de santé publique, donc.

« Les anomalies du microbiote vaginal sont aussi graves, si ce n’est plus, que celles du microbiote intestinal. Mais comme beaucoup d’affections qui ne concernent que les femmes, la vaginose a reçu moins d’attention en recherche », déplore Janneke van de Wijgert, épidémiologiste au Institute of Infection and Global Health de l’université de Liverpool, au Royaume-Uni. Elle est l’une des spécialistes mondiales de la vaginose bactérienne et, plus largement, de la « dysbiose » (le déséquilibre du microbiote), qu’elle étudie sans relâche chez des femmes d’Europe et d’Afrique.

« Heureusement, depuis cinq ans, les choses changent. On dispose de techniques d’analyse performantes et on a une meilleure compréhension de ce milieu, grâce à des études faites à grande échelle », précise-t-elle.

Si le vagin commence à livrer ses secrets, c’est surtout grâce à l’avènement de la métagénomique, une technique qui permet de séquencer, ou de « lire » l’ADN d’un très grand nombre de bactéries en un temps réduit. On est désormais capable d’analyser le « microbiome », c’est-à-dire l’ensemble des génomes d’un microbiote, pour repérer les espèces présentes et même connaître leurs proportions respectives.

On découvre ainsi que le microbiote vaginal est beaucoup plus complexe qu’on le croyait. Il y a à peine cinq ans, on considérait encore qu’il n’y avait que deux cas de figure : soit une flore saine, homogène, soit un chamboulement confus en cas de vaginose. « On pensait que, dans un état de bonne santé, les lactobacilles dominaient la flore », indique Jacques Ravel, codirecteur du Institute for Genome Sciences à l’université du Maryland; il est l’un des pionniers de l’analyse de l’écosystème vaginal.

Ces bactéries en forme de bâtonnets étaient connues depuis 1892, grâce aux observations faites au microscope par un gynécologue allemand en avance sur son temps. Le vagin est leur fief : elles y produisent de l’acide lactique en abondance (le pH vaginal est donc acide, autour de 4), mais aussi des composés antibactériens qui empêchent les autres espèces de proliférer. En cas de vaginose, les lactobacilles sont remplacés par des bactéries pathogènes, de type Prevotella, Gardnerella vaginalis ou encore Mycoplasma hominis, qui sont naturellement présentes dans le vagin, mais qui se mettent subitement à se multiplier.

Plusieurs nuances de gris
Mais voilà, ce dogme binaire a été ébranlé en 2011 par la première étude génomique à large échelle, menée par Jacques Ravel auprès de 400 Américaines n’ayant aucun symptôme de vaginose. Surprise : la dominance des lactobacilles est loin d’être universelle. Les vagins « normaux » font preuve d’une importante diversité en termes de pH et de communautés bactériennes. À tel point que les chercheurs ont pu distinguer cinq types de microbiotes; ceux dominés par l’une des quatre espèces de lactobacilles L. iners, L. crispatus, L. gasseri ou L. jensenii; et le dernier type, comptant peu ou pas de lactobacilles, mais plutôt un cocktail d’autres bactéries.

« Cette étude a changé notre vision de ce qu’est une flore vaginale en bonne santé, car 25 % des femmes n’avaient pas de lactobacilles. D’après les critères utilisés en clinique, ces femmes auraient pu recevoir un diagnostic de vaginose, mais elles n’avaient aucun symptôme. La situation est donc plus compliquée que ce qu’on pensait », indique Jacques Ravel.

Plus surprenant encore, le type de flore (ou « vagitype ») était corrélé à l’origine ethnique des femmes. Les Blanches et les Asiatiques possédaient davantage de lactobacilles (mais pas les mêmes espèces), alors que les femmes latino-américaines et afro-américaines avaient des flores plus diversifiées et un pH plus élevé. Ces observations ont été confirmées en 2014 par des chercheurs de la Virginia Commonwealth University, qui ont séquencé les microbiomes de 1 200 femmes afro-américaines et de 400 d’origine européenne. Ils ont vu émerger les cinq vagitypes, mais aussi deux autres qui n’avaient pas été décrits par l’équipe de Jacques Ravel.

« Ce qui est clair, c’est qu’on ne sait pas encore quelle est la diversité “normale” de la flore vaginale », commente Maurice Boissinot, de l’Université Laval. « C’est une question majeure qui n’a pas encore été résolue : pourquoi, quand deux femmes ont le même microbiote vaginal sans lactobacilles, l’une a-t-elle des symptômes et l’autre non ? » s’interroge quant à lui Jacques Ravel.

Histoire de compliquer les choses, des études ont démontré que la composition bactérienne peut varier grandement au cours de la vie (le nombre de lactobacilles chute après la ménopause), mais aussi d’un jour à l’autre, en fonction du cycle menstruel ou de facteurs indéterminés. L’absence de lactobacilles est-elle une situation stable ? Ou une « transition » entre une infection et le retour à la normale ?
Quoi qu’il en soit, moult femmes vivent heureuses sans lactobacilles. Avec toutefois un talon d’Achille… « Si ces femmes ont des relations protégées, il n’y a pas forcément de problème. Mais elles sont tout de même plus à risque d’ITS », prévient Jacques Ravel. Au même titre que celles qui souffrent officiellement de vaginose bactérienne.

Car les études sont formelles : sans lactobacilles, les femmes sont plus fragiles. Celles qui ont une vaginose courent jusqu’à 60 % plus de risques d’attraper le VIH. Une étude menée en 2012 sur 2200 couples africains a aussi prouvé que le risque de transmettre le virus au partenaire masculin triplait lorsque la flore vaginale était perturbée.

La cause ? Outre le fait qu’ils relâchent des antimicrobiens, les lactobacilles imposent une ambiance acide qui inhiberait l’activité des lymphocytes, ces cellules immunitaires ciblées par le VIH, les rendant moins accessibles au virus. Par ailleurs, début 2016, l’équipe de Jacques Ravel a publié une étude démontrant que le mucus qui tapisse les parois vaginales est une barrière beaucoup plus efficace contre le VIH en présence d’acide lactique.

Lorsque les lactobacilles baissent la garde, des bactéries pathogènes peuvent proliférer et la situation peut devenir franchement critique, comme l’a révélé en 2016 une étude du Centre du programme de recherche sur le sida en Afrique du Sud (CAPRISA). La prévalence du VIH atteint dans ce pays des taux alarmants, en particulier chez les jeunes filles. Or, des chercheurs ont découvert qu’une seule bactérie, Prevotella bivia, pouvait multiplier par 13 le risque de contracter le VIH, si elle représentait plus de 1 % des microbes présents dans le vagin.

Finalement, selon certaines estimations, près du tiers des cas de VIH pourraient être évités si les lactobacilles régnaient en maîtres dans tous les vagins, notamment en Afrique subsaharienne où la prévalence de la vaginose atteint parfois 60 %. L’Amérique du Nord n’est pas épargnée : 10 % à 30 % des femmes seraient touchées – des chiffres qui, toutefois, restent débattus.

Outre le risque d’ITS, l’absence de lactobacilles menace aussi la grossesse. Coïncidence ou non, les Afro-Américaines, qui ont plus souvent des flores vaginales hétérogènes, courent deux à trois fois plus de risque d’accoucher prématurément que les Blanches.

Une flore idéale pour toutes ?
L’ampleur du problème laisse songeur. Comment se fait-il que, avec ou sans symptômes, autant de vagins soient le siège d’un bestiaire qui les rend à ce point vulnérables ? « On ne connaît toujours pas les causes de la dysbiose, ou déséquilibre bactérien. Il y a des facteurs génétiques et aussi des variations dans la réponse immunitaire qui pourraient expliquer la présence ou l’absence des symptômes », reprend Janneke van de Wijgert. D’autres facteurs, comme le tabagisme, la pauvreté, le recours aux douches vaginales ou la préexistence d’une ITS sont également connus pour favoriser la vaginose.

Mais une autre hypothèse émerge. « De plus en plus de chercheurs commencent à penser que la vaginose est une forme de maladie sexuellement transmissible. Elle pourrait être donnée par certains partenaires dont les bactéries dérégleraient la flore en place », avance Jacques Ravel. Dans une de ses études menées au Rwanda, Janneke van de Wijgert a d’ailleurs constaté que la prévalence de la vaginose atteignait presque 70 % chez les travailleuses du sexe.

« Actuellement, on ne soigne que les vaginoses symptomatiques, par un antibiotique, le métronidazole. Il faudrait peut-être changer les recommandations pour traiter toutes les femmes qui n’ont pas une flore vaginale dominée par des lactobacilles », remarque Jacques Ravel.

« C’est ce qu’on souhaite, confirme Janneke van de Wijgert. Et, plus précisément, on veut privilégier l’espèce L. crispatus qui sécrète plus d’acide et protège mieux que l’espèce L. iners, par exemple. »

L’enjeu est crucial, car les antibiotiques contre la vaginose règlent rarement le problème. Les rechutes sont nombreuses; jusqu’à 58 % dans l’année qui suit le premier épisode. « En administrant aux femmes les meilleurs lactobacilles, ceux qui sont les plus résistants, cela permettrait de prendre le contrôle à long terme sur les autres bactéries », indique M. Ravel. Plusieurs traitements à base de probiotiques, de « bonnes » bactéries, sont à l’étude. « Je pense que, d’ici deux ou trois ans, on saura si cela prévient les récurrences de vaginose », précise Janneke van de Wijgert qui mène justement un essai clinique en Ouganda.

Briser le cycle de transmission du VIH et d’autres ITS, éviter fausses couches et infections, mais aussi prévenir une partie des 13 millions de naissances prématurées qui surviennent dans le monde chaque année; la mission des lactobacilles est colossale. Elle l’est d’autant plus que la flore vaginale est léguée de mère en fille, au moment de l’accouchement. « Les études démontrent une forte corrélation entre la composition du microbiote vaginal de la mère et celui de sa fille, explique Jacques Ravel. Certaines jeunes filles n’ont jamais de lactobacilles : dès leur puberté, leur microbiote ressemble à celui d’une vaginose. » Un fardeau invisible qui se transmet de génération en génération.
 
Une bactérie en hommage

La bactérie Criibacterium bergeronii, découverte en 2016 par une équipe du CHU de Québec-Université Laval, a été nommée ainsi en l’honneur du CRI, le Centre de recherche en infectiologie de l’Université Laval, et de son fondateur Michel Bergeron. « On lui a fait la surprise ! » raconte le chercheur Maurice Boissinot.

L’hommage peut paraître surprenant – on parle tout de même d’une bactérie vaginale ! –, mais le professeur Bergeron n’en est pas moins « honoré et profondément touché ». Il a consacré une bonne partie de sa carrière à la protection des femmes contre les infections transmissibles sexuellement.

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